Au fond des Khmers rouges apporte un regard approfondi sur l’histoire, la domination et le statut actuel des Khmers Rouges. Le film montre également des interviews révélatrices avec des soldats tant du côté des Khmers Rouges modernes que ceux qui se battent contre. Le film s’intéresse également aux répercutions du retrait des forces vietnamiennes sur le peuple cambodgien.